企业应把保护商业秘密作为现代化企业管理的重要组成部分来抓。企业的商业秘密保护方案的主要内容包括：在指定范围内分离并确定属于商业秘密的具体资料;确定保护商业秘密的责任及其监护;对属于商业秘密的文件实施统一标记;设立保护商业秘密的机械安全系统;处理好保护商业秘密与雇员之间的关系;确定怎样以较低的风险向企业外部人员在某种程度上展示某些商业秘密;妥善处理向企业主动提供的专题商业秘密资料及鼓励员工个人发展;定期更新商业秘密的内容等。
一、建立保护商业秘密的机构
一些企业的主要做法是：明确一名企业主要领导人负责保密委员会的全面工作;在保密委员会成员中增加行政业务处室领导的比例;明确既懂技术又懂法律、通业务的专职人员负责商业秘密的日常管理;商业秘密管理机构可以与其他知识产权管理机构重叠、也可交叉设立或者独立设立。
二、建立企业内部相关的保密制度
根据各个行业各个企业商业秘密的不同特点，制订出一套符合商业秘密运动规律的管理制度。企业商业秘密管理制度大致包括以下内容：
企业保护商业秘密的机构和人员职责;企业商业秘密认定机构与认定程序;废弃文件、废物处理的管理制度;商业秘密使用、转让、解密、销毁制度;企业对外交流(发表文章、广告、展示、出席会议等)商业秘密审查制度;对外发布新产品信息的商业秘密审查制度;企业各类情报、档案、资料的管理制度;企业员工保守商业秘密规定;企业商业秘密投资的审查、保护制度;商业秘密争议处理制度、保密工作奖惩制度等。要注意加强宣传教育和检查监督，防止有章不循、流于形式。要通过宣传教育，使广大职工增强道德观念、法制观念、责任感、归属感，树立保护商业秘密人人有责的思想，普遍提高保护商业秘密的自觉性。同时要将商业秘密的管理纳入企业基础管理体系，变经验式管理为定性、定量的目标管理。在企业内部明确各级领导应负担的保密工作责任，划出各业务系统商业秘密的具体内容，把商业秘密管理作为企业基础管理的子项目列入考核体系，对泄密单位、责任者按规定予以处罚;建立商业秘密受侵犯后的快速反应机制，确保商业秘密被侵犯后的损失降到最低限度。
三、与职工签定保密合同
在商业秘密诉讼中，权利人必须举证证明：被侵犯的信息是原告的商业秘密;权利人已采取了合理的措施以保护其商业秘密(至于什么是合理措施，视具体情况而定);侵权人侵犯了权利人的商业秘密。虽然法律对商业秘密的概念作了明文规定，但只是概括性的，在具体实施中，某一信息是不是商业秘密，权利人、侵权人和法院可能会有不同的理解。技术、工艺诀窍和产品配方、客户名单、财务状况等资料或者企业发展规划等经营性信息等均可认定为商业秘密。在这种情况下，权利人和侵权人谁能胜诉，主要取决于双方所举的证据能在多大程度上支持自己的主张，并且能够被法院所接受，权利人举证、胜诉就比较艰难。
在权利人和侵权人签有保密合同的前提下，由于合同已载明了商业秘密的名称、范围及其他条款，权利人在诉讼中仅凭合同本身就可证明：被告一方明确知道特定信息是原告的商业秘密;被告已承诺承担相应的保密义务，包括不将秘密泄露给第三人，也不利用这些秘密与原告展开竞争;被告已经知道，违反合同约定将给原告带来损失，并预先同意自己在违约时赔偿原告的损失。这将使原告在诉讼中的举证变得相对容易，胜诉的可能性也随之增大。
四、.与非本企业人员订立商业秘密协议
此类商业秘密协议主要包括的内容有：确定商业秘密的内容;确定文件披露范围;秘密文件披露的期限;外部人员对拥有商业秘密所有权公司的明确义务;要求对方雇员签订个人保密协议;要求所有有关各方遵守、执行保密协议;规定违约赔偿金的作用;明确该商业秘密协议的有效期等(详见《商业秘密》，美国 丹尼斯·昂科维克著)。
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